Die Geschichte des Ortsteils Zerpenschleuse beginnt in der Zeit von 1605 bis 1620 mit dem Bau des Finowkanals. Dort entstand in der Umgebung der Hammerdammer Schleuse (später Zerpellschleuse), nachdem um 1680 eine Glashütte errichtet wurde, eine kleine Ansiedlung, in der sich möglicherweise auch einige Schiffer niederließen. Das war die Geburtsstunde von Alt-Zerpenschleuse.
Wappen von Zerpenschleuse Seit 1727 existierte auf dem Gelände der Glashütte ein Vorwerk des Amtes Liebenwalde mit Schenkkrug und Schneidemühle. 1747, vier Jahre nach dem erneuten Ausbau des verfallenden Finowkanals, zählte Alt-Zerpenschleuse 28 erwachsene Einwohner. Größere Veränderungen ergaben sich ab 1765, als das Vorwerk dem Amtmann Kienitz in Erbpacht gegeben wurde. Kienitz erhielt von Friedrich dem Großen die Auflage, Kolonisten anzusiedeln. Mit der Gründung der Kolonie Berg wurde dem Befehl des Königs Folge geleistet und Spinnerfamilien angesiedelt. 1774 entstand dann der dritte Ortsteil, die Kolonie Kienitz. 1805 standen in den beiden Kolonien und auf dem Erbpachtgut insgesamt 91 Häuser, in denen 668 Einwohner lebten.
1822 wurde das erste Schulhaus mit einem Klassenzimmer und einer Lehrerwohnung gebaut. Nachdem 1832 Kirche und Pfarrhaus abbrannten, entstand von 1845 bis 1849 die neue Kirche. 1856 weist der Ort 1724 Einwohner auf. Zum Ort gehören 56 Hektar Ackerland, 18 Hektar Wiesen und ein Hektar Wald.
Im 19. Jahrhundert beginnt sich auch das Vereinsleben in Zerpenschleuse zu rühren. So entstehen 1848 die Schützengilde, 1874 der Männergesangverein Concordia und 1888 ein Männerturnverein. 1919 werden die drei Ortsteile zur Gemeinde Zerpenschleuse vereinigt.
In den Jahren 1907 bis 1914 wird der Hohenzollernkanal, der heutige Oder-Havel-Kanal, gebaut. 1924/25 kommt es zur Aufgabe der beiden Schleusenkammern, die unmittelbar vor der Schnittstelle der beiden Kanäle lagen: Sie werden zugeschüttet. Der Lange Trödel ist geboren, denn das dadurch entstandene „stehende Gewässer“ innerhalb des Finowkanals im Bereich von Zerpenschleuse bis Liebenwalde wird nun so bezeichnet.
Nach dem Zweiten Weltkrieg verläuft die Entwicklung in Zerpenschleuse ähnlich wie in vielen anderen Orten. Die LPG „Freier Bauer“ Typ III (LPG Typ III: Einzubringen waren die gesamten landwirtschaftlichen Nutzflächen und das Betriebsinventar.) und die LPG „Morgensonne“ Typ I (LPG Typ I: Einzubringen waren nur Ackerflächen; das Betriebsinventar (Vieh und Maschinen) sowie das Grünland wurden nicht in die LPG eingebracht. Es bildete die Grundlage für die individuell betriebene Viehwirtschaft) entstehen. Beide Betriebe treten 1969 bzw. 1971 in die LPG Stolzenhagen ein.
Nach der Wende gehört Zerpenschleuse bis zur Gebietsreform 2003 gehört Zerpenschleuse zum Amtsbereich Groß Schönebeck. Mit den Kommunalwahlen am 26. Oktober 2003 wird Zerpenschleuse Ortsteil der Gemeinde Wandlitz.